W 1936 r. Dowódca Polskiej Marynarki Wojennej kontradmirał Józef Unrug zatwierdził statut stowarzyszenia Wojskowego Klubu Sportowego „Flota” Gdynia. Oznaczało to dużą samodzielność szczególnie w kwestii nabywania lub dzierżawienia nieruchomości i ruchomości oraz podczas zawierania wszelkiego rodzaju umów a także zarządzania własnym majątkiem.
W owym czasie WKS „Flota” Gdynia liczyła sześć sekcji: piłki nożnej, pięściarstwa, szermierki, lekkiej atletyki, pływania i ciężkiej atletyki. Terenem działalności Klubu była Gdynia i okręty RP.
Do osiągnięcia powyższych celów Klub dążył zachowując obowiązujące rozkazy i przepisy prawne poprzez:
- zapewnienie członkom Klubu opieki sportowo-lekarskiej,
- urządzanie zawodów sportowych oraz współpracowanie w organizowaniu zawodów wojskowo-sportowych Floty,
- umożliwianie swoim członkom korzystania ze sprzętu sportowego i stałych urządzeń sportowych,
- wszelkie inne dozwolone sposoby mogące przyczynić się do osiągnięcia celów Klubu.
- WKS „Flota” Gdynia współdziałała w pracy związanej z wychowaniem fizycznym z Dowódcą Floty, któremu podlegała działalność Klubu, jego gospodarka materiałowa i pieniężna. Nadzór nad funkcjonowaniem sportu w wojsku sprawował Państwowy Urząd Wychowania Fizycznego i Przysposobienia Wojskowego
- poprawienie stanu zdrowia i poziomu sprawności fizycznej członków Klubu w efekcie uprawiania ćwiczeń ruchowych we wszelkich dziedzinach sportu,
- rozbudzanie zamiłowania do uprawiania ćwiczeń ruchowych i sportu wśród żołnierzy służby czynnej i rezerwy oraz ich rodzin, a ponadto wśród młodzieży w ramach przysposobienia wojskowego i osób pracujących w organizacjach przysposobienia wojskowego,
- współpracowanie z Dowódcą Floty i z organizacjami przysposobienia wojskowego w prowadzeniu pracy sportowej,
- udział w ogólnopolskim życiu sportowym.
Sekcje sportowe Klubu należały do właściwych Polskich Związków Sportowych,a za ich pośrednictwem do międzynarodowych federacji sportowych kierujących daną dyscypliną sportu. Spośród zasłużonych zawodników, trenerów i wychowawców, pełniących służbę w przedwojennej Marynarce Wojennej, twórców marynarskiego życia sportowego, związanych ze sportem marynarskim i „Flotą”, przez długie lata przypadające zarówno na okres przedwojenny, jak i po wojnie, wymienić należy: Franciszka Lendziona, Józefa Zielińskiego, Czesława Śliwę, Stanisława Małkowiaka, Cziloka, Stanisława Woryńczaka, Władysława Grechutę, Stanisława Żochowskiego, kpt. Piotrowskiego, kpt. Staniszewskiego, kpt. Karpińskiego i kpt. Tymińskiego.Pomyślna działalność WKS „Flota” Gdynia została przerwana w chwili wybuchu II Wojny Światowej. Wielu sportowców, trenerów i działaczy Klubu brało czynny udział w walkach na Wybrzeżu. Wielu z nich zginęło, a ci, którzy ocaleli zostali wzięci do niewoli niemieckiej lub podjęli dalszą walkę zbrojną w konspiracji albo walcząc na wszystkich morzach i oceanach w Polskich Siłach Zbrojnych na Zachodzie. Były jeniec oflagu w Woldenbergu, Stanisław Żochowski, napisał w swych wspomnieniach, że utworzony w niewoli klub sportowy nazwany został „Kotwica”, aby nie postponować słabszym poziomem sportowym dobrego imienia WKS „Flota” Gdynia, reprezentującego całą Marynarkę Wojenną. Zgodnie z rozkazem Dowódcy Marynarki Wojennej w dniu 30 października 1946 r. odbyło się walne zebranie WKS „Flota” Gdynia. Na tym zebraniu wybrano Zarząd Klubu i przemianowano nazwę na „Klub Sportowy Marynarki Wojennej FLOTA”. Równocześnie powołano do życia następujące sekcje sportowe: strzelecką, piłki nożnej, lekkoatletyczną, bokserską, ciężkiej atletyki, pływacką, piłki ręcznej, gimnastyki przyrządowej, szermierczą, żeglarską, tenisa stołowego, szachową, wędkarską. Sekcje składały się przede wszystkim z pasjonatów, z rzadka trenerów lub instruktorów danej dyscypliny sportowej